Deportationen
Deportationen aus Theresienstadt setzten bereits Anfang 1942 ein. Der erste Zug, der das Getto verließ, fuhr im Januar 1942 mit 2.000 Todgeweihten nach Riga. In den darauffolgenden Monaten schwankte die Bewohnerzahl erheblich und war zugleich von großer Fluktuation gekennzeichnet. So belegt die Statistik der Zu- und Abgänge für September 1942 - mit zwischen 53.000 bis 60.000 Einwohnern der Monat mit dem absolut höchsten Bevölkerungsstand im Getto -, dass in diesen vier Wochen 18.639 Personen in Theresienstadt angekommen waren, während im gleichen Zeitraum von dort 13.004 in Vernichtungslager deportiert wurden und weitere 3.941 im Getto selbst gestorben waren. Zu diesem Zeitpunkt waren die räumlichen Kapazitäten längst extrem überschritten, woraufhin die SS das Problem der Überbelegung dadurch „löste“, dass sie ältere Getto-Bewohner gezielt nach Treblinka schickte. Von ihnen überlebte nicht einer.
Auch Kinder waren in Theresienstadt nicht von Deportationen ausgenommen. Immerhin wurden anfangs die Heranwachsenden bis zum Alter von zwölf Jahren von den Transporten ausgenommen, bis man ihre Altersgrenze kontinuierlich herabsetzte und im Oktober 1944 schließlich auch Säuglinge deportiert wurden.
Grob lassen sich vier Wellen ausmachen, in denen Getto-Bewohner mit „Osttransporten“ zu ihnen unbekannten Zielen auf polnischem Boden, in Lettland, Estland und Weißrussland verschickt wurden. In der ersten, vom 9. Januar bis 22. Oktober 1942 währenden Phase wurden 42.004 Menschen - überwiegend Jüdinnen und Juden aus Böhmen und Mähren, die für deutsche und österreichische Leidensgenossen Platz machen mussten - in 34 Transporten deportiert. Die zweite Phase umfasste den Zeitraum vom 26. Oktober 1942 bis Februar 1943, in dem 8.867 Personen in sechs Transporten überwiegend nach Auschwitz gebracht wurden, das zunehmend der wichtigste und bald der einzige Bestimmungs- und Vernichtungsort wurde. Die dritte, aus acht Transporten mit 17.517 Insassen bestehende Deportationswelle erreichte vom 6. September 1943 bis zum 18. Mai 1944 das dort neu eingerichtete „Theresienstädter Familienlager“ in Auschwitz-Birkenau. Die elf Züge der vergleichsweise kurzen vierten und letzten Phase, die aus Gründen der Tarnung „Arbeitseinsatztransporte“ genannt wurden, verließen das Getto mit 18.402 Opfern zwischen dem 28. September und 28. Oktober 1944. Auch ihr Ziel war Auschwitz.
Die Gesamtzahl der aus Theresienstadt abtransportierten Häftlinge wird mit 86.790 bzw. 86.934 angegeben; überlebt haben von ihnen höchstens 3.100. Mit dem Transport vom 28. Oktober 1944 endeten die berüchtigten Herbstdeportationen aus Theresienstadt - kurz darauf ließ Heinrich Himmler in Auschwitz die Gaskammern abbauen.