Dominierendes Thema blieben aber die Deportationen, die sich nach ihrem Beginn Mitte Oktober 1941 wie eine Art unbesiegbaren Schreckgespensts auftürmten. Den davon Betroffenen wurde laut eines „Schnellbriefs“ des Reichsministeriums der Finanzen auch ihr komplettes Hab und Gut genommen. Ihr Vermögen wurde nämlich bis auf 100 RM und 50 kg Gepäck zugunsten des Reichs eingezogen.
Zwischen dem 8. und 28. November 1941 wurden 7.000 Juden aus Hamburg, Bremen, Düsseldorf, Frankfurt, Berlin, Brünn und Wien nach Minsk in Weißrussland deportiert, wo die SS am 7. November 7.000 und am 20. November weitere 5.000 Bewohner des dortigen Gettos ermordete, um Platz für die aus dem Deutschen Reich und dem Protektorat erwarteten Verschleppten zu schaffen..
Vom 17. bis zum 25. November 1941 fuhren fünf Züge aus Berlin, München, Frankfurt a.M., Wien und Breslau mit insgesamt etwa 5.000 Juden nach Kaunas, wohin sie die Gestapo vom ursprünglichen Zielort Riga kurzfristig umgeleitet hatte. Die Insassen wurden jedoch nicht im örtlichen Getto untergebracht, sondern sämtliche 4.934 Ankömmlinge am 25. und 29. November vom Einsatzkommando 3 der Sicherheitspolizei und des SD Juden im außerhalb der Stadt gelegenen Fort IX erschossen.
Ab dem 27. November fuhren die Deportationszüge dann tatsächlich Richtung Riga, wo vor deren Ankunft SS-Männer, deutsche Polizisten und lettische Hilfspolizisten am 30. November sowie am 8. und 9. Dezember 1941 insgesamt 26.000 lettische Juden ermordeten. So wurde das „große Getto“ völlig ausgelöscht, während im „kleinen Getto“ etwa 4.000 arbeitsfähige jüdische Männer sowie einige hundert Frauen zunächst verschont blieben. Den Auftrag hierzu hatte Himmler mit Blick auf die zu erwartenden Deportationen Mitte November erteilt, während er die Erschießung der nach Riga Deportierten vorerst explizit verboten hatte. Allerdings traf seine entsprechende Anordnung erst am Mittag des 30. November ein, nachdem am Morgen bereits 1.053 Berliner Jüdinnen und Juden unmittelbar nach ihrer Ankunft ermordet worden waren.
Weil von den gleich nach ihrer Ankunft erschossenen Deportierten keine Nachrichten in ihren Heimatstädten und -regionen eintrafen, reagierten die zurückgebliebenen Angehörigen und Freunde mit großer Sorge. Schon bald kursierten Gerüchte über Massenerschießungen, die meist auf Berichten von Tätern basierten. Die für die Deportationen Verantwortlichen bemühten sich hingegen weiterhin, die Fiktion eines Arbeitseinsatzes „im Osten“ aufrechtzuerhalten, und forderten die zur Deportation Aufgerufenen scheinheilig auf, Öfen, Nähmaschinen und anderes Arbeitsgerät mitzunehmen.
Ende November, als Reinhard Heydrich erstmals zur - kurz darauf verschobenen - Wannsee-Konferenz einlud, schien dem NS-Regime dann der Zeitpunkt gekommen, um die Deportationen aus ganz Europa einheitlich zu koordinieren und die „Endlösung“ zu kühl, pragmatisch und ohne jeden Funken von Menschlichkeit organisieren.