Am 18. September 1941 erließ der Reichsverkehrsminister eine Verordnung zur Benutzung der Verkehrsmittel durch Juden, die künftig zum Verlassen ihres Wohnorts und für Fahrten in bestimmten Verkehrsmitteln an ihrem Wohnort einer polizeilichen Erlaubnis bedurften. Das galt auch für Fahrräder. Zugleich wurde ihnen untersagt, Schlafwagen der Reichsbahn zu benutzen und Speisewagen aufzusuchen. Alle übrigen öffentlichen Verkehrsmittel durften nur noch dann benutzt werden, wenn es noch ausreichend Platz gab, keinesfalls aber in Zeiten größeren Verkehrsaufkommens. Außerdem war Jüdinnen und Juden nur noch die Nutzung der niedrigen Klassen gestattet. Sitze durften nur noch eingenommen werden, wenn niemand anderes mehr stand. Auch die Benutzung von Warteräumen und aller übrigen öffentlichen Einrichtungen des öffentlichen Verkehrs war ihnen nur unter strengen Beschränkungen gestattet.
Am 11. September wurde zudem auf Anordnung der Gestapo der jüdische Kulturbund aufgelöst. Während dessen Verlag und Buchvertrieb durch Angliederung an die Reichsvereinigung der Juden zunächst noch erhalten blieben, wurde der Verein selbst aufgelöst, womit seine Veranstaltungstätigkeit beendet war. Damit verlor die jüdische Bevölkerung eine ihrer letzten Möglichkeit zu etwas Unterhaltung.
Seit Kriegsbeginn hatte das Schicksal der deutschen jüdischen Bevölkerung im Ausland nur wenig Beachtung und eher selten Eingang in die Presse gefunden. So druckte die New York Times zwar einen Artikel über die Einführung der „Kennzeichnungspflicht“, platzierte ihn jedoch erst auf Seite 14 der Ausgabe. Dabei wäre internationaler Beistand nötiger denn je gewesen, denn im September 1941 änderte Adolf Hitler seine Meinung hinsichtlich der Durchführung von Deportation der Juden aus dem Reichsgebiet nachhaltig. Hatte er im Vormonat noch betont, eine derartige Verlagerung komme erst nach Kriegsende in Frage, ordnete er nun - um den 17. September 1941 - plötzlich deren zügige Durchführung an. Diese Transporte waren zwar noch nicht gleichbedeutend mit Hitlers Zustimmung zu deren Ermordung, dürften entsprechende Phantasien aber bestimmt beflügelt haben.
Dabei waren es insbesondere einige der NSDAP-Gauleiter, die schon seit langem darauf gedrängt hatten, ihre Machtbereiche „judenfrei“ zu machen. Hierzu zählten etwa Josef Goebbels in Berlin, Baldur von Schirach in Wien, Karl Hanke in Breslau und Karl Kaufmann in Hamburg, der später gegenüber Göring behauptete, er sei im September 1941 nach einem schweren Luftangriff auf die Stadt an Hitler mit der Bitte herangetreten, „die Juden evakuieren zu lassen, um zu ermöglichen, dass wenigstens zu einem gewissen Teil den Bombengeschädigten wieder eine Wohnung zugewiesen werden könnte“. Der habe seiner Anregung „unverzüglich entsprochen und die entsprechenden Befehle zum Abtransport der Juden erteilt“. Auch der Kölner Gauleiter Josef Grohé hielt am 28. September 1941 im Rahmen einer Großkundgebung der NSDAP in der Messehalle eine Rede, in der er die jüdische Bevölkerung mit „Ungeziefer“ gleichsetzte und den „Untergang des Judentums“ forderte. Der wichtigste Grund für Hitlers Meinungsumschwung war aber wohl eine sich für sein Regime immer bedrohlicher gestaltende internationale Lage, da sich die Anzeichen für einen Kriegseintritt der USA verdichteten.
Bereits vier Wochen später rollten die ersten Deportationszüge aus dem Reichsgebiet und dem „Protektorat“ Richtung Litzmannstadt, nachdem Himmler den Gauleiter des Warthegaus, Arthur Greiser, am 18. September 1941 darüber informiert hatte, 60.000 Juden in das dortige, bereits zuvor schon überfüllte Getto abzuschieben. Daher stieß die Absicht auf Widerstand der deutschen Behörden in Litzmannstadt, woraufhin die Zahl der „Einzusiedelnden“ im Laufe des Folgemonats auf etwa 20.000 reduziert wurde, während weitere 25.000 Menschen jeweils in die Gettos Riga und Minsk deportiert werden sollten. Im Rahmen eines im September in Berlin stattfindenden Treffens der „Judenreferenten“ der Gestapostellen im „Altreich“ wurden die praktischen Probleme hinsichtlich der geplanten Transporte erörtert, wobei es das Reichssicherheitshauptamt den jeweiligen Gestapostellen überließ, sich für Zuarbeiten hierbei der Bezirksstellen der Reichsvereinigung zu bedienen.
Ende des Monats wurde auch die jüdische Bevölkerung über die erschreckenden neuen Pläne in Kenntnis gesetzt. Im Jahr 1941 fiel der höchste jüdische Feiertag - Jom Kippur - auf den 30. September. Am Vormittag dieses Tages teilte SS-Hauptsturmführer Alois Brunner, der Leiter der Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Wien, Josef Löwenherz als Direktor der Israelitischen Kultusgemeinde mit, dass ein Teil der jüdischen Bevölkerung Wiens, gemeinsam mit Jüdinnen und Juden aus dem „Altreich“ und dem „Protektorat“ nach Litzmannstadt „umgesiedelt“ werden solle. In Berlin war es mit Franz Prüfer der für Judenangelegenheiten zuständige Gestapo-Beamte, der zum genau gleichen Zeitpunkt führende Vertreter der Jüdischen Gemeinde in der Gestapo-Zentrale über die Pläne in Kenntnis setzte und deren Mitarbeit befahl. Dabei beabsichtigten die Verantwortlichen die wahren Absichten offenbar so lange wie möglich geheim zu halten. Den Betroffenen sollte ihre Wohnungskündigung lediglich mit dem Hinweis auf ihren Zwangsumzug in ein „Judenhaus“ innerhalb Berlins überreicht werden. Unter Androhung der Todesstrafe verpflichtete Prüfer die drei jüdischen Gemeindevertreter dazu, kein Wort über die wahre Bedeutung der Kündigungen zu verlieren, womit sie gezwungen wurden, das Täuschungsmanöver der Gestapo mitzutragen.