Aus mehreren Städten ist überliefert, dass der Weg zum Sammellager oder zum Bahnhof, von dem aus der Transport abging, für die Deportierten zum Spießrutenlauf wurde. Es kam allerdings auch vor, dass Passanten ihr Missfallen über die Deportation zum Ausdruck brachten oder den Betroffenen Lebensmittel zusteckten. Solche Äußerungen von Mitgefühl oder Solidarität blieben jedoch selten und erfolgten fast immer anonym.
Zu den Deportationen als solchen gesellten sich weitere äußerst belastende und desillusionierende Elemente. Nachdem eine Emigration spätestens seit Kriegsbeginn ohnehin nur noch wenigen Jüdinnen und Juden möglich gewesen war und nicht selten hohe Bestechungsgelder und dubiose Gebühren gekostet hatte, initiierte Heinrich Himmler am 18. Oktober 1941 einen Erlass, der mit Wirkung vom 23. Oktober 1941 ein allgemeines Auswanderungsverbot für Angehörige der jüdischen Bevölkerung im deutschen Machtbereich verhängte und diese endgültig in eine ausweglose Lage stürzte. Weil das in Form eines Geheimerlasses geschah, hielt sich für einige Zeit noch die verzweifelte Hoffnung, das Land doch noch verlassen zu können. Letztlich verblieben zur Vermeidung der Deportation aber nur noch die Flucht in die Illegalität oder der Suizid als extremste Form.
Aber auch damit noch nicht genug. Am 24. Oktober 1941 erließ das Reichssicherheitshauptamt eine Anordnung, die danach über die Gestapostellen den Landräten und Bürgermeistern mitgeteilt wurde. Darin wurde kritisiert, dass „deutschblütige Personen“ nach wie vor „freundschaftliche Beziehungen zu Juden“ unterhalten und sich sich mit ihnen in der Öffentlichkeit zeigen würden. Angesichts einer derartigen Ignoranz gegenüber „den elementarsten Grundbegriffen des Nationalsozialismus“ der „Mißachtung der staatlichen Maßnahmen“ wurde angeordnet, „daß bei derartigen Vorkommnissen der deutschblütige Teil vorübergehend in Schutzhaft zu nehmen bzw. in schwerwiegenden Fällen bis zur Dauer von drei Monaten in ein Konzentrationslager“ einzuweisen sei. „Der jüdische Teil ist in jedem Falle bis auf weiteres unter Einweisung in ein Konzentrationslager in Schutzhaft zu nehmen.“ - Damit war jeder freundschaftliche Kontakt zur jüdischen Freunden und Nachbarn untersagt und die Isolation der jüdischen Bevölkerung staatlicherseits perfektioniert worden.
Auch weit im Osten wurde seitens des NS-Regimes weiter an der „Endlösung der Judenfrage“ gearbeitet. Da die im Generalgouvernement verantwortlichen deutschen Behörden die dortige jüdische Bevölkerung noch nicht in die besetzten sowjetischen Gebiete abschieben konnten, andererseits aber die Einrichtung großer Gettos vermeiden wollten, dezimierten sie deren gewaltsam. Mobile Tötungseinheiten ermordeten Anfang Oktober 1941 unter anderem in den Bezirken Stanislau, Kolomea, Tarnopol und Drohobycz Zehntausende Juden, die die Massenmordaktionen der Einsatzgruppen einige Wochen zuvor noch überstanden hatten. Bis zum Jahresende 1941 wurden allein in dieser Region so etwa 70.000 Juden erschossen. Die dann noch Überlebenden wurden in überfüllten Gettos zusammengepfercht.
Parallel dazu besprachen Heinrich Himmler und der SS- und Polizeiführer im Distrikt Lublin, Odilo Globocnik, im September und Oktober 1941 im Rahmen mehrerer Treffen über die Umsetzung der Pläne einer „Germanisierung“ des Distrikts Lublin. Dabei wurde wahrscheinlich auch über die „Aussiedlung“ der jüdischen Bevölkerung und den Bau des ersten Vernichtungslagers entschieden. Nur wenig später übertrug Himmler Globocnik jedenfalls die Zuständigkeit für die Errichtung der Vernichtungslager Belzec, Sobibor und schließlich Treblinka („Aktion Reinhardt“). Mit ersten Vorarbeiten für das Lager Belzec wurde noch im Oktober 1941 begonnen.
Ebenfalls in diesem Monat begannen die Bauarbeiten für das Lager Birkenau (auch Auschwitz II genannt). Die Wehrmacht überstellte hierzu 10.000 sowjetische Kriegsgefangene ins Stammlager Auschwitz, die als Baukolonne im drei Kilometer entfernten Brzezinka ein Lager für 100.000 Kriegsgefangene errichten sollten. Dieses Lager wurde sehr bald umfunktioniert und diente fortan als Vernichtungszentrum des Lagerkomplexes in Auschwitz. Anders als Belzec, Sobibor, Treblinka und Kulmhof, die ausschließlich als Vernichtungslager fungierten, war Auschwitz auch ein Konzentrationslager.